保稅區(qū)的功能 是保稅倉儲(chǔ)， 出口加工， 轉(zhuǎn)口貿(mào)易。
而綜合保稅區(qū) 除了一般保稅區(qū)的功能， 它是集出口加工區(qū)，保稅物流區(qū)，港口的功能于一身，可以發(fā)展中轉(zhuǎn)，配送，采購，轉(zhuǎn)口貿(mào)易和出口加工等業(yè)務(wù)。
綜合保稅區(qū)是在保稅區(qū)之后出現(xiàn)的，其功能延續(xù)了保稅區(qū)的特點(diǎn)，但又與其有不同之處。
保稅區(qū)和綜合保稅區(qū)均是基于“兩頭在外”的特殊區(qū)域設(shè)立的。
保稅區(qū)實(shí)行“離境退稅政策”，綜合保稅區(qū)實(shí)行“入?yún)^(qū)退稅”政策。
根據(jù)《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于出口貨物勞務(wù)稅和消費(fèi)稅政策的通知》（ 2012（39） 號(hào)）規(guī)定，出口企業(yè)經(jīng)海關(guān)進(jìn)入國家批準(zhǔn)的出口加工區(qū)， 保稅物流園區(qū)， 保稅港區(qū)，綜合保稅區(qū)，珠澳跨境工業(yè)區(qū)（珠海園區(qū)），中哈霍爾果斯邊境合作中心（中方配套區(qū)域），保稅物流中心（B型）（以下統(tǒng)稱特殊區(qū)域）并銷售給特殊區(qū)域內(nèi)單位或境外單位，個(gè)人的出口貨物，應(yīng)視同出口,實(shí)行“入?yún)^(qū)退稅”政策，可以直接申報(bào)出口退（免）稅，無須提供貨物的出境備案清單。 也就是 出口企業(yè)將貨物運(yùn)送至上述7類特殊區(qū)域后，無論是在區(qū)內(nèi)進(jìn)行銷售，還是出口至境外，都可以申請(qǐng)出口退（免）稅。
保稅區(qū)不在上述7 類特殊區(qū)域范圍內(nèi)，這也就意味著進(jìn)入保稅區(qū)的貨物不能視同出口， 不享受“入?yún)^(qū)退稅”政策，而是要到實(shí)際離境時(shí)，才能按照出口貨物申請(qǐng)出口退（免）稅。
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