保稅區(qū)的功能 是保稅倉儲， 出口加工， 轉口貿易。
而綜合保稅區(qū) 除了一般保稅區(qū)的功能， 它是集出口加工區(qū)，保稅物流區(qū)，港口的功能于一身，可以發(fā)展中轉，配送，采購， 轉口貿易和出口加工等業(yè)務。
綜合保稅區(qū)是在保稅區(qū)之后出現(xiàn)的，其功能延續(xù)了保稅區(qū)的特點，但又與其有不同之處。
保稅區(qū)和綜合保稅區(qū)均是基于“兩頭在外”的特殊區(qū)域設立的。
保稅區(qū)實行“離境退稅政策”，綜合保稅區(qū)實行“入?yún)^(qū)退稅”政策。
根據(jù)《財政部 國家稅務總局關于出口貨物勞務稅和消費稅政策的通知》（ 2012（39） 號）規(guī)定， 出口企業(yè)經(jīng)海關進入國家批準的出口加工區(qū)， 保稅物流園區(qū)， 保稅港區(qū)，綜合保稅區(qū)， 珠澳跨境工業(yè)區(qū)（珠海園區(qū)），中哈霍爾果斯邊境合作中心（中方配套區(qū)域），保稅物流中心（B 型）（以下統(tǒng)稱特殊區(qū)域）并銷售給特殊區(qū)域內單位或境外單位，個人的出口貨物，應視同出口,實行“入?yún)^(qū)退稅”政策，可以直接申報出口退（免）稅， 無須提供貨物的出境備案清單。 也就是 出口企業(yè)將貨物運送至上述7 類特殊區(qū)域后，無論是在區(qū)內進行銷售，還是出口至境外，都可以申請出口退（免）稅。
保稅區(qū)不在上述7 類特殊區(qū)域范圍內，這也就意味著進入保稅區(qū)的貨物不能視同出口， 不享受“入?yún)^(qū)退稅”政策， 而是要到實際離境時，才能按照出口貨物申請出口退（免）稅。
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